Mối quan hệ giữa Quân đội Nhân dân Việt Nam và Quân Giải phóng miền Nam Việt Nam được mô tả cụ thể bởi sách lược "Tuy hai mà một, tuy một mà hai" của phía Cách mạng có nghĩa là: "hai về mặt pháp lý; một về mặt chính trị, đường lối, lý tưởng, sách lược và hành động"[19]. Sách lược đó nhằm đề cao vị trí, vai trò và tính độc lập của Mặt trận và Chính phủ cách mạng lâm thời và Quân Giải phóng miền Nam Việt Nam, tập hợp thêm lực lượng và các xu hướng khác nhau ở trong nước và trên thế giới[20]. Thực tế sách lược này bắt nguồn từ việc Việt Nam vốn dĩ đã là một quốc gia thống nhất, toàn vẹn lãnh thổ và độc lập sau Cách mạng tháng Tám nhưng tạm thời bị chia cắt về mặt quân sự và chỉ quân sự mà thôi bởi Hiệp định Geneva 1954. Do đó, tại hai miền có hai nhà nước, nhà nước (Việt Nam Dân chủ Cộng hòa không thừa nhận nhà nước Việt Nam Cộng hòa mà chỉ thừa nhận nhà nước Cộng hòa miền Nam Việt Nam) đại diện cho nhân dân miền Nam với cùng mục tiêu, dù bề ngoài có một số khác biệt chính sách theo sách lược của Đảng[20][21]. Việc đồng ý cho Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam tham gia Hội nghị Paris chứng tỏ Hoa Kỳ và Việt Nam Cộng hòa đã chấp nhận vị thể pháp lý của Cộng hòa miền Nam Việt Nam, thừa nhận tại miền Nam Việt Nam có hai chính quyền, hai quân đội, hai vùng kiểm soát (tuy nhiên bên phía Cộng hòa miền Nam Việt Nam, ngồi đàm phán với chính quyền Sài Gòn không có nghĩa là công nhận chính quyền đó)[22]. Hệ quả là Hoa Kỳ và Việt Nam Cộng hòa chấp nhận sự độc lập về pháp lý giữa Cộng hòa miền Nam Việt Nam và Việt Nam Dân chủ Cộng hòa cũng như sự độc lập về pháp lý giữa Quân đội Nhân dân Việt Nam và Quân Giải phóng miền Nam Việt Nam[23][24][25] Theo Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam và các nước thuộc khối Xã hội chủ nghĩa, Quân Giải phóng miền Nam Việt Nam là lực lượng chiến đấu trên chiến trường miền Nam, và trong nội bộ và công khai sau này là một bộ phận của Quân đội Nhân dân Việt Nam[26][27]. Các điều khoản của Hiệp định Paris không có một định nghĩa rõ ràng về các lực lượng quân sự ở miền Nam và không định nghĩa rõ ràng về chủ quyền của Việt Nam Dân chủ cộng hòa, do đó về mặt pháp lý, không thực sự rõ ràng về Quân đội nhân dân và Quân giải phóng. Lập trường phía Việt Nam Dân chủ cộng hòa là "vấn đề quân đội Việt Nam ở lãnh thổ Việt Nam do các bên Việt Nam giải quyết với nhau".[28] Nghĩa là vấn đề quân đội ở miền Nam thuộc giải quyết của 3 chính quyền của Việt Nam, tuy nhiên căn cứ các điều khoản của hiệp định Paris và bản Định ước thi hành Hiệp định thì không có định nghĩa về quân đội hai bên, mà chỉ nêu trách nhiệm của hai bên miền Nam giải quyết vấn đề quân đội trên lãnh thổ miền Nam (Điều 13 Hiệp định).

Giai đoạn 1954-1958: lực lượng vũ trang của Vệ Quốc Đoàn rút về miền Bắc, toàn bộ Quân đội Nhân dân Việt Nam tạm thời tập kết miền Bắc chờ tổng tuyển cử. Ở miền Nam không còn tồn tại lực lượng vũ trang chính quy, tuy nhiên sau đó do chính quyền Quốc gia Việt Nam và Việt Nam Cộng hòa vi phạm Hiệp định khi tiến hành đàn áp chính trị, tôn giáo[29], một số đơn vị vũ trang tái thành lập, hoạt động cơ bản bí mật, do các xứ, khu, tỉnh ủy địa phương chỉ đạo, ngoài Bắc không công khai chỉ đạo, để tỏ thiện chí tôn trọng Hiệp định[30].

Giai đoạn 1959-1961: Sau khi thấy Hiệp định bị phía Việt Nam Cộng hòa vi phạm khi tất cả cơ sở chính trị chuẩn bị cho Tổng tuyển cử của những người cộng sản và mặt trận Liên Việt tại miền Nam bị chính quyền Ngô Đình Diệm đàn áp (theo Hiệp định, các bên được giữ nguyên tại chỗ các cơ sở chính trị để chuẩn bị Tổng tuyển cử), Đảng Lao động Việt Nam Việt Nam Dân chủ Cộng hòa tại miền Nam bị chính quyền Ngô Đình Diệm đàn áp (theo Hiệp định, các bên được giữ nguyên tại chỗ các cơ sở chính trị để chuẩn bị Tổng tuyển cử), Đảng Lao động Việt Nam quyết định chuyển hướng kết hợp đấu tranh vũ trang với đấu tranh chính trị, Việt Nam Dân chủ Cộng hòa bắt đầu có những hoạt động công khai ủng hộ phong trào chống Việt Nam Cộng hòa ở miền Nam.[31] Hiến pháp năm 1959 được ban hành khẳng định "Đất nước Việt Nam là một khối Bắc Nam thống nhất không thể chia cắt" và không quy định cụ thể phạm vi thi hành chủ quyền của Việt Nam Dân chủ cộng hòa[32].

Giai đoạn 1962-1969: Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam công khai hoạt động, sau đó Đảng bộ Miền Nam đổi thành Đảng Nhân dân Cách mạng (đảng cộng sản miền nam), về pháp lý tách rời với các lực lượng chính trị ngoài Bắc, có đường lối chính trị riêng (chỉ nói cách mạng dân tộc dân chủ nhân dân, không nói xã hội chủ nghĩa), nhưng về chính trị không tách rời với Đảng Lao động Việt Nam, Việt Nam Dân chủ Cộng hòa vẫn tiếp tục khẳng định quyền là người đại diện hợp pháp cho nhân dân Việt Nam ở cả hai miền vốn có từ Tổng tuyển cử 1946. Do đó, về mặt pháp lý Quân giải phóng miền Nam được xem là lực lượng vũ trang của Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam, độc lập tương đối với Quân đội Nhân dân Việt Nam về mặt pháp lý, chiến đấu cho lý tưởng trong Cương lĩnh Mặt trận, chịu chỉ đạo của Đảng Nhân dân Cách mạng, chứ không phải Đảng Lao động, nhưng thực tế về bí mật là bộ phận Quân đội Nhân dân Việt Nam, và vẫn gắn bó chính thể Việt Nam Dân chủ Cộng hòa (Quốc hội Việt Nam Dân chủ cộng hòa vẫn đại diện nhân dân cả nước, lưu nhiệm các đại biểu miền Nam cho đến năm 1969 và có các quyết nghị về Quân giải phóng Miền Nam như biểu dương Mặt trận, biểu dương Quân giải phóng,.v.v). Chính việc Hoa Kỳ và Việt Nam Cộng hòa chấp nhận để Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam (cũng là theo đề nghị của Việt Nam DC CH) tham gia Hội nghị Pa-ri với tư cách là lực lượng chính trị tại miền Nam Việt Nam đã chứng tỏ Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam có quyền lực pháp lý ở miền Nam, và họ có đường lối độc lập về chính sách với Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và có lực lượng vũ trang riêng. Tuy nhiên Việt Nam Dân chủ cộng hòa không sửa lại luật pháp về chủ quyền và Quốc hội vẫn đại diện nhân dân cả nước, Mặt trận cũng không phủ nhận vấn đề chủ quyền của Việt Nam Dân chủ cộng hòa (mặc dù chỉ thi hành quyền lực pháp lý ở miền Bắc) cho thấy chưa có sự độc lập giữa Mặt trận và Việt Nam DCCH, cũng như sự độc lập giữa Quân giải phóng với Quân đội nhân dân[33][34].

Binh lính ngoài Bắc tình nguyện gia nhập Quân Giải phóng để chiến đấu tại miền Nam do trong đơn, hồ sơ, thẻ quân nhân thì họ là người của Quân Giải phóng[35]. Các lực lượng vào Nam có khác biệt về hồ sơ quân dịch, phù hiệu, mũ áo giày dép so với bộ đội ngoài Bắc. Vì phía Mỹ không thực rõ mối quan hệ giữa Đảng Lao động ở miền Bắc và Đảng Nhân dân Cách mạng ở miền Nam nên họ mới cho rằng quân đội ngoài Bắc vào do Đảng Lao động lãnh đạo, quân hình thành tại chỗ đo Đảng Nhân dân Cách mạng lãnh đạo, trong khi phía cách mạng vẫn gọi chung là Quân Giải phóng và do Đảng Nhân dân Cách mạng lãnh đạo, chứ không công khai Đảng Lao động lãnh đạo, và cũng không rạch ròi phân biệt thế nào là Quân Giải phóng hay Quân đội Nhân dân. Bộ Tư lệnh các Lực lượng Vũ trang Giải phóng miền Nam chỉ đạo trực tiếp, nhận lệnh bí mật từ Bộ Tổng tư lệnh. Bộ Tư lệnh các Lực lượng Vũ trang Giải phóng miền Nam chỉ đạo trực tiếp, nhận lệnh bí mật từ Bộ Tổng tư lệnh. Bộ Tổng tư lệnh trực tiếp nắm từ Trung Trung Bộ trở ra, Bộ Tư lệnh các Lực lượng Vũ trang Giải phóng miền Nam chỉ nắm từ B2 trở vào. Về bí mật, Bộ Tổng tư lệnh đưa lệnh tới Bộ Tư lệnh miền, và chỉ đạo trực tiếp Tư lệnh Quân khu V và Trị Thiên. Các đơn vị từ bờ Bắc đánh trực tiếp qua vĩ tuyến 17, tài liệu bên cách mạng vẫn gọi Quân Giải phóng, mang phù hiệu Quân Giải phóng, bên kia gọi là Quân đội Nhân dân Việt Nam.

Giai đoạn 1969-1973: Cộng hòa Miền Nam Việt Nam thành lập. Về công khai, Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam không còn mối quan hệ phụ thuộc với Việt Nam Dân chủ Cộng hòa mà gắn với chính thể mới, Mặt trận chuyển giao chức năng chính quyền cho Chính phủ mới thành lập, chỉ còn chức năng tổ chức chính trị[36]. Việt Nam Dân chủ Cộng hòa không sửa Hiến pháp về vấn đề chủ quyền, nhưng về pháp lý, phân định rạch ròi trách nhiệm của hai chính phủ quản lý ở hai miền. Về biên chế và pháp lý, binh lính tình nguyện từ Bắc vào vẫn thuộc Quân Giải phóng[37]. Điều khoản Hiệp định Paris không nói rõ về 2 quân đội ở miền Nam nhưng cũng cho thấy thừa nhận 2 lực lượng quân đội ở miền nam, và để ngỏ vị trí pháp lý của Quân đội Nhân dân Việt Nam ở miền Nam và mối quan hệ với Quân Giải phóng, không ghi rõ là 2 lực lượng riêng biệt (Hiệp định chỉ ghi là các bên chứ không nói rõ là có những bên nào nhưng thừa nhận sự tồn tại của Quân đội Nhân dân Việt Nam ở miền Nam, theo điều 3 sử dụng cụm từ "các bên" - theo tinh thần cả bản Hiệp định là 4 bên, và điều 13 Hiệp định sử dụng cụm từ "lực lượng vũ trang Việt Nam ở miền Nam" được lý giải ở bản Định ước thi hành Hiệp định). Về phía cách mạng vẫn thừa nhận các lực lượng từ Bắc vào thuộc Quân giải phóng và do Chính phủ cách mạng lâm thời quản lý, phù hợp với tinh thần của bản Hiệp định. Hiệp định không có một định nghĩa rõ ràng về lực lượng của đối phương[38].

Lực lượng Việt Cộng có quân số được Mỹ ước tính khoảng 100.000 người vào năm 1969.[39]

Giai đoạn 1973-1975: Hiệp định Paris thừa nhận sự thống nhất và toàn vẹn lãnh thổ của Việt Nam (Vĩ tuyến 17 chỉ được coi là giới tuyến quân sự tạm thời chứ không được coi là biên giới quốc gia, không có một định nghĩa rõ ràng về chủ quyền của Việt Nam DCCH, và chỉ ghi chung chung là có 2 bên thi hành quyền lực pháp lý ở miền Nam), vì thế lần đầu tiên từ 1969, vào năm 1973 Quốc hội Việt Nam Dân chủ Cộng hòa nghe báo cáo quân sự trong Nam[40], thể hiện rõ chính thể Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và Cộng hòa miền Nam Việt Nam không phải là 2 chính thể tách rời mà vẫn có sự liên quan tới nhau, nói cách khác là 02 nhà nước trong 01 quốc gia. Do đó không có một sự độc lập tuyệt đối giữa Quân đội nhân dân và Quân giải phóng.

Để thi hành hiệp định, danh sách các lãnh đạo chính trị và quân sự ở miền Nam Việt Nam (bao gồm lãnh đạo Mặt trận, Liên minh các lực lượng Dân tộc, Dân chủ và Hòa bình Việt Nam ở cấp tỉnh và trung ương, lãnh đạo các đảng phái, tổ chức tham gia Mặt trận, lãnh đạo chính quyền Cộng hòa Miền Nam Việt Nam cấp tỉnh và trung ương, đại diện chính quyền tại Việt Nam Dân chủ cộng hòa, lãnh đạo Trung ương Cục, lãnh đạo Bộ Tư lệnh các Lực lượng Vũ trang Giải phóng miền Nam) đều được công bố.

Phía cách mạng tái khẳng định Trung ương Cục miền Nam là đại diện Đảng Lao động Việt Nam ở miền Nam (điều này phù hợp với Hiệp định Geneva-1954 khi các lực lượng chính trị được ở nguyên tại chỗ) và công bố rõ hình thành năm 1969 sau khi chính thể mới thành lập, và Đảng Nhân dân Cách mạng có mối quan hệ với Đảng Lao động, cụ thể đại diện đảng này có thành viên tham gia Trung ương Cục Miền Nam[41]. Việc Đảng Lao động Việt Nam có một bộ phận ở miền Nam không vi phạm Hiệp định Geneva 1954 lẫn Hiệp định Pa-ri 1973 do không có điều khoản về tập kết chính trị (tuy nhiên Trung ương Cục MN thực tế thời gian dài hoạt động bí mật).

Tại Hội nghị La Celle Saint Cloud, ông Đinh Bá Thi, phó trưởng phái đoàn Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam khẳng định mọi lực lượng vũ trang cách mạng ở miền Nam đều nằm dưới sự chỉ đạo của Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam.[42]

Bộ Tư lệnh các Lực lượng Vũ trang Giải phóng miền Nam bao gồm cả đại diện Quân giải phóng và Quân đội Nhân dân Việt Nam. Về mặt pháp lý, Quân đội Nhân dân Việt Nam và Quân Giải phóng miền Nam Việt Nam vẫn là hai lực lượng có tính độc lập tương đối, về pháp lý Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam là người đại diện hợp pháp của nhân dân miền Nam, Việt Nam Dân chủ Cộng hòa là người đại diện hợp pháp của nhân dân cả hai miền (mô hình một quốc gia nhiều nhà nước). Quân giải phóng miền Nam Việt Nam được Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và các nước Xã hội chủ nghĩa thừa nhận là lực lượng chiến đấu ở miền Nam. Quân Giải phóng trực tiếp thành lập và quản lý các quân khu, các đơn vị chủ lực tại miền Nam.[1][43].

Trên thực tế danh sách lãnh đạo Trung ương Cục MN của Đảng Lao động, lãnh đạo Đảng NDCM MN, Bộ Tư lệnh các LLVTGPMNVN gửi cho quốc tế và đối phương sau Hiệp định thể hiện mối quan hệ chằng chéo giữa hai đảng và hai quân đội, và mang tính sách lược, đánh lừa đối phương chứ chưa thể hiện đầy đủ bản chất tính thống nhất của Đảng và quân đội như sau này.

Bộ Tư lệnh Miền chính thức giải thể ngày 7 tháng 7 năm 1976 sau khi hợp nhất hai bộ máy Nhà nước. Các quân khu, quân đoàn từng bước chịu sự lãnh đạo, chỉ đạo trực tiếp từ Quân ủy Trung ương và Bộ Quốc phòng nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam.[44]

Sau 1975, các tài liệu Việt Nam công khai Đảng Nhân dân Cách mạng miền Nam là Đảng Bộ Miền Nam của Đảng Lao động và Đảng bộ Miền Nam về mặt thực chất chịu sự chỉ đạo của Trung ương Đảng và Trung ương Cục và các Khu ủy trực thuộc Trung ương hoặc phân Trung ương Cục chỉ đạo. Phía Mỹ đến nay vẫn có người không biết điều này, và khi sử dụng các tài liệu từ thời chiến để lại, nên họ vẫn hay nhầm lẫn về Quân đội nhân dân và Quân giải phòng. Họ tưởng quân ngoài bắc vào do Đảng Lao động lãnh đạo và quân tại chỗ do Đảng Nhân dân Cách mạng lãnh đạo. Thực chất thì đều do Đảng Lao động (Đảng Lao động có quyền lưu lại cơ sở chính trị do Hiệp định Geneva cho phép) lãnh đạo về mặt chính trị, nhưng từ 1962 đến 1975 thì không công khai mà để Đảng Nhân dân Cách mạng công khai lãnh đạo (về công khai, cơ sở chính trị tại miền Nam của Đảng Lao động được tách biệt về pháp lý để thuận tiện cho việc tham gia chính trường miền Nam, tham gia Mặt trận). Việc tách đảng bộ miền Nam thành Đảng riêng về công khai chỉ thể hiện tạo cho Mặt trận Dân tộc Giải phóng có đường lối riêng với đường lối Mặt trận Tổ quốc và Đảng Lao động thi hành ngoài Bắc, và vị thế chính trị cho phong trào, tạo thuận lợi để lực lượng Cộng sản chính thức tham chính ở miền Nam. Bên cạnh đó, việc này cũng gia tăng vị thế hợp pháp (chứ không phải bảo đảm tính hợp pháp) cho phong trào cách mạng ở miền Nam do tình trạng một quốc gia có nhiều nhà nước cũng được chính Liên hợp quốc thừa nhận trong Hiến chương của mình. Tiêu biểu có Liên Xô, có ba phiếu trong Liên hợp quốc gồm Liên Xô, Belarus và Ukraina[45]

Sau 1975 không hề có sự hợp nhất nào về mặt Đảng như một số tài liệu Mỹ viết mà đơn giản đảng Lao động Việt Nam công khai thừa nhận Đảng Nhân dân Cách mạng là một bộ phận tại miền Nam của mình vì thực tế từ trước các cấp ủy Đảng ở miền Nam đều chịu chỉ đạo theo chiều dọc xuyên suốt[46](danh xưng "Đảng Nhân dân Cách mạng" chỉ tồn tại bề ngoài che dấu đối phương). Sau 1975 phía cách mạng cũng công khai vai trò lãnh đạo về mặt chính trị của Đảng Lao động với Chính phủ cách mạng lâm thời (điều này phù hợp với quy định các lực lượng chính trị ở nguyên tại chỗ của Hiệp định Geneva-1954), nhưng hai chính phủ chỉ chính thức hợp nhất sau Tổng tuyển cử 1976. Các văn kiện Đảng sau 1975 cho thấy Hội đồng Chính phủ VNDCCH sau 1975 còn có quyền ở miền Nam dù chưa hợp nhất chính thể[47], vì nó không vi phạm các Hiệp định đã ký kết và luật pháp trước đây của VNDCCH.

Sau khi Việt Nam thống nhất bằng Hiệp thương Tổng tuyển cử 1976, Quân Giải phóng được sáp nhập hình thức vào Quân đội Nhân dân Việt Nam.[48][49]